CドライブとDドライブは、それぞれ完全に別のハードディスクのようですので、影響はないです。

今の状態が、いまひとつ私にはわかりかねるので、断言できません。
Dドライブに対して、クイックフォーマットではない、通常のフォーマットを行ったほうがいいとは思います。

普通は、問題ないです。

正常っぽく見えても、コピーに失敗することもあります。
ただこれも、ファイルシステムの異常が原因で起きることですが。

身近には実験も兼ねて10年以上使っているハードディスクもあるので、6年ものだからダメってことはないと思います。
原因がはっきりしないのが気持ち悪いですね。

あと考えられるのは、iTunes固有の問題ということでしょうか。

アドバイス頂いた事を試してみたのですが特に異常が見当たりませんでした
私のやり方がまずかったかもしれませんが・・・リンクのGUIのチェックディスクとの対応
の項目を参照して行いました

コマンドプロントを使っては、/f /rというような入力は行わなかったのですが
上記のGUIのチエックディスクとの対応と同義という事でよろしいのでしょうか
コマンドプロントでもエラー（不良セクタ？）の様なものは確認できませんでした
※画像を参照下さい

保存してあるデータを再確認したところ
Cドライブ（Windowsのシステム入り）にある音声ファイルには異常ありませんでした

私なりにその他の原因を考えてみたのですが
異常が認められたDドライブは、元々このPCを購入した際にWindowsが入っていたHDDです
以前、Windowsの起動がおかしくなり、PCショップにて修理をした際に
新品のHDDを購入し、そちらにWindowsのシステムを入れたものが現在のCドライブ
今回、データの破損が見つかったDドライブはその際にフォーマットしたHDDを
Dドライブとして使用してます
このDドライブのHDDはこのPCを購入した際の物なので、かれこれ６年程は
使用している事になります
もしかしたら、物理的な限界がきているのではないか？という推測です

また、HDDが２つになった事により
PCで作業をする際に、メインのソフトはCドライブ、メインの補佐をするソフト、音声データ等はDドライブ
というように同一HDD内で作業を行わなかった事は関係性はないでしょうか？
（素人知識ですがよくデータが断片化するように、同一HDDでなかった為PCが混乱したという発想です）
以前調子が悪かった時に、ソフトのインストール、アンインストールなどで
WindowsシステムのあるHDDへの負担を減らした方がいいと、アドバイスを受けた事があり
極力Cドライブには「アップル」や「SONY」といった、有名メーカーの制作したソフトだけをインストールするようにして
個人で制作されたようなフリーソフトなどをDドライブに入れて使う
という使い方をしてます

そのように、バラバラにしてしまった事も原因の一つではないかと考えました
（全く関係ないかもしれませんが・・・）

破損したデータについては特段大事なデータでもないので
あまりスマートな方法ではないかもしれませんが、Dドライブのフォーマットを検討しています

そこで、今一度、ご質問させて頂きたいのですが

Q.Dドライブのフォーマットを行った際に、Cドライブには影響がでないのか？
（PCが起動しない、ネットができない等起こらないか？大丈夫とは思うのですが念のため・・・）
※上記の例のようにCとDにまたがって使用してるソフトが使えなくなる可能性は理解しております
フォーマット前にDドライブに関連してしまうソフトは一旦アンインストールするつもりです

Q.現在破損していないデータについてはCD-Rの様な別の記録媒体に一度保存したものを
フォーマットしたDドライブに保存しても、今後破損することなく動くのか？

例えが変な例えですが・・・
風邪をひいた人〔壊れたファイル〕と健康な人〔正常なファイル〕が一緒に居る部屋〔Dドライブ〕を
殺菌消毒〔フォーマット〕して、健康な人だけを殺菌消毒した部屋〔フォーマット済みHDD〕に入れて
後々風邪をひいた人〔壊れたファイル〕にならないのか？

※データ自体は特段大事なものではないです。救出できたらラッキー程度です

もしかしたら、私の知識不足でアドバイス頂いた事が正しく行えていないのかも知れません
また、フォーマット以前に、物理的な限界が近いのかも知れません

稚拙な文章で、状況が非常に分かりにくいかとは存じますが
今一度知恵をお貸し頂けたら幸いです
よろしくお願いいたします

また、直接関係があるか分からないですが
ライブラリには追加はしていない曲で
WMPで再生しようとするとコーデックが無いと言われたり
サイズが０バイトになっているファイルがかなり見つかりました
こちらもいくつかパターンがあり
・ファイルサイズが０バイトでコーデックが無いとエラーが出る（wavファイル）
・ファイルサイズは正常だがコーデックが無いとエラーが出る（wavファイル）
という状態です
また、９月頃に制作した割と新しいファイルも８割程が同じ状況でした

多分、関係あります。

ほぼ間違いないのは、音声ファイルを保存しているドライブのファイルシステムに問題があります。
その状態でファイルを操作すると、ファイルが壊れる、あるいは失われる可能性があります。
新しいファイルであっても、データを保存する前提に問題があるので、異常は発生します。
保存先のドライブ自体に関することです。

すべきことは、「chkdsk」の実行です。
ただし、現時点で異常が認められるので、そのまま実行すると、ファイルが消える可能性が相当あります。
保存されているファイルが重要であれば、ファイル復元ソフトを用いてファイルを抽出することを優先してください。

ウイルスに関しては、もし感染していたら、もっと面白い挙動をすると思います。
データを上書きして消去したり、暗号化して開けなくしたり。
起きている現象が中途半端なので、障害によるものと考えます。

・表示されている曲名と流れる曲が違う
・表示されている曲名と流れる曲が違い、流れる曲が別の曲のサビやイントロなどぐちゃぐちゃになって流れる
・何の問題もなく正常に再生される曲も数曲ある

取り込む前にiTunesは最新の状態に更新をしました
その後iPhoneで確認したところこのような現象になりました
取り込んだ曲自体は、元々iTunesに入っており、iPodshuffleの方には過去入れており
問題なく再生できています

これはファイルが破損していたりするのでしょうか？

また、直接関係があるか分からないですが
ライブラリには追加はしていない曲で
WMPで再生しようとするとコーデックが無いと言われたり
サイズが０バイトになっているファイルがかなり見つかりました
こちらもいくつかパターンがあり
・ファイルサイズが０バイトでコーデックが無いとエラーが出る（wavファイル）
・ファイルサイズは正常だがコーデックが無いとエラーが出る（wavファイル）
という状態です
また、９月頃に制作した割と新しいファイルも８割程が同じ状況でした

mp3ファイルに関しては、コーデックが無いと言うエラーは出ませんが代わりに
・ファイルの再生中にWMPに問題が発生しました
と表示が出て再生できないものがあります

自身で行った事は
・再起動（起動時に、背景黒で白文字で英文がずらーーーっと出てきてその後起動）
・他のフリーソフトにて再生
・iTunesをアップデート以前に戻す（PC復元）

改善はありませんでした

PCの環境はこんな感じです
------------------------------------------------------------------------------------------------
OS:         Windows 7 Home Premium Home Edition (6.1, Build 7601 Service Pack 1)
------------------------------------------------------------------------------------------------
CPU:         Intel(R) Core(TM) i7-4790 CPU @ 3.60GHz (8 個の CPU)
------------------------------------------------------------------------------------------------
メイン メモリ:    12230MB RAM
------------------------------------------------------------------------------------------------
ハード ディスク:
        (C:) [NTFS]
            合計サイズ(476838 MB)
            空き容量(331781 MB)
        ボリューム (D:) [NTFS]
            合計サイズ(953866 MB)
            空き容量(794347 MB)
------------------------------------------------------------------------------------------------
ディスプレイ:
        汎用 PnP モニター
        現在の解像度 1366 x 768 (32 bit) (60Hz)
------------------------------------------------------------------------------------------------
グラフィック:
        NVIDIA GeForce GTX 750
            ビデオ メモリ 1024.0 MB
            製造元 @oem18.inf,vidia_a;NVIDIA
            ドライバ nvd3dumx,nvwgf2umx,nvwgf2umx.dll
            ドライバ バージョン
------------------------------------------------------------------------------------------------
DirectX:     DirectX 10.0 (4.09.0000.0904)
------------------------------------------------------------------------------------------------
DVD/CD-ROM:
        (E:) [CDROM] Unknown
------------------------------------------------------------------------------------------------
入力装置:
        キーボード
        マウス
------------------------------------------------------------------------------------------------
サウンド装置:
        スピーカー (SB Recon3D PCIe)
------------------------------------------------------------------------------------------------

素人考えで色々と検索をしてみると
ウイルス等に感染してファイルが壊れた可能性等の記事を見たのですが
セキュリティソフトはAvast を無料で使ってます

コーデックについては殆ど知識がないのですが
別のプレーヤーで0a 3d のような数字とアルファベットで区切られたものが何列も出てきて
そのプレーヤーでのヘルプではこの文字列をヘルプセンターに送ればコーデック探してあげる
って感じのヘルプがでました。（※数字文字列は適当です）
この際に、（本当に素人考えなのですが・・・）0a 3dの様な並び方はコンピューター上では
そのように表現すると聞いたことがあるのですが、後半部分、文字化けのようになっていました

説明が分かりにくいかと思いますが要約すると

Q1.先日まで開けていたwav mp3ファイルの一部が急に開かなくなったのでどうすればよいか？

Q2.iTunesのミュージックライブラリの一部の曲がおかしくなったのは関連性があるのか？

Q3.原因は？ウィルス等の脅威に晒されていないか？

何か気になる事、原因になりそうな事があれば是非教えて頂けませんか
よろしくお願いします