>空き容量が少なくなるきっかけになったソフトウェアがあれば、それが疑わしいです。

これを一度辿ってみたいと思います。

なお、結果報告ですが、所用で当該PCから離れますので、時間が掛かるかもしれません。
すみません。

従って、対処方法も同様です。
空き容量が少なくなるきっかけになったソフトウェアがあれば、それが疑わしいです。
リンク先の件では、私はTestDiskというより、Cygwinも含めて疑っていました。
返答がなかったので、追記はしませんでしたが。

この原因が分からず質問させていただきました。

個別にフォルダ内を点検しました。もちろん隠しファイル（フォルダ）についても確認しました。
二人で確認しました。
個別で数えたものを合計すると100GB程度しか有りません。

ネットで検索するとファイルシステムが破損しているケースもあるとの事で、チェックディスクも行いました。しかし解決しません。

何が考えられるのでしょうか？
もちろん復元用のファイルなどについても確認しています。

最悪HDD初期化しOSの入れ直しから行うしかないかとも思っています。
ただ、これでは根本的な原因が分からないままになるので、原因を見つけたいと思っています。