私もレジストリエディタを使って、Windowsの設定を直接書き換えてしまうのが早いと思います。
設定変えたんなら、設定元に戻せばいいだけと思います。
ただし、ここで間違うとより一層わけわかんなくなりますけど。

ありがた迷惑かもしれませんが、実フォルダを移動させた時も、Windowsは「User Shell Folders」のデータを書き換えます。
特に「Windows 7」だとライブラリとかあるので、実フォルダと設定とがごちゃごちゃになって、
本人のパソコンなのに「ファイルがどこ行ったかわからん」て言われることもあります。
私も現物見てみないと、何がどうなってるのかさえわかりません。

おそらく場所の移動の際に、移動先を間違えたんでしょう
お気に入りの場所なのにDesktopフォルダを選んだとか

試しにやってみたら結構大変なことになりました
デスクトップのフォルダが３つ出来てたりしませんか
そしてお気に入りとマイドキュメントがないとか

僕のやった改善方法ですが、いまどういう状況なのは分かりかねるので
①まず、デスクトップとマイドキュメント、お気に入りの中身を安全な場所に移動
②データ移動のページの中の「AppDataの移動」の項目を読んで、レジストリエディタを開く
③Desktop、Favorites、Personalの項目をそれぞれDesktop、Favorites、マイ ドキュメントに直す
※My Musicとかを参考にしてデフォルトに戻すってことです
④Cドライブのユーザープロファイルのフォルダ(C:\Users\ユーザー名)を開いて、デスクトップとマイドキュメントとお気に入りを削除する
⑤パソコンを再起動すると上記の場所にデフォルトのフォルダが作られてるとおもいます
⑥データを戻す

で、元に戻りましたがどうですかね。

Cドライブの空き容量を増やすために、『「Cドライブ」から「Dドライブ」へのデータ移動』の内容を参考にファイル移動を行いました。
「マイドキュメント」と「デスクトップ」と「お気に入り」をCからDに移動したところ、設定が変更されてしまい大変困っています。

①操作の後デスクトップ上にマイドキュメント内のファイル全て、ブラウザのお気に入り全てのリンクが作成されていました。
しばらく操作画面ばかり見ていたため、いつこの状態になったのかは分かりません。

②その後D内にてデスクトップ上のファイル、マイドキュメント内のファイル、ブラウザのお気に入りが移動されているのを発見。
それらを切り取りCに移動させると、デスクトップ上のリンクは消えました。

③ブラウザを立ち上げお気に入りを見ると、それまでのお気に入りは消え、PC上のファイルのフォルダがいくつか追加されていました。
Ｃ＞ユーザー＞PCUser内に新規フォルダ「お気に入り」を作成しましたが、ブラウザのお気に入りには反映されませんでした。
「お気に入りに追加」を行うと、デスクトップ上にリンクが作成されます。

④新規ファイルをドキュメント内に作成するとデスクトップにリンクが作成されてしまいます。

異変に気付いた後の状況と行った操作、現在分かっている異常はこの4点です。
容量を開けるためにバックアップのデータも消えてしまったらしく、システムの復元もできない状況です。
ファイルのリンクがデスクトップ上に作成されないよう、元に戻すためにはどういった操作を行えば良いでしょうか。
また、上記の異常の他に何か起きている可能性があれば指摘して頂けると有難いです。
何卒よろしくお願いいたします。