MBRに限って言えば、
システム修復ディスクを使って異なるバージョンのWindowsのMBRを修復することは可能です。
システム修復ディスクというより、「Windows PE」としての機能になりますが。
つまり、システム修復ディスクの自動修復に頼るのではなく、
このページに書いてあるような操作を行うことで可能だという意味です。
書いてあるように、XPのMBRでも修正可能です。

システム修復ディスクの主たる機能は、そのシステム修復ディスクを作成した環境でしか使えません。
少なくとも私はそう認識しています。
システム修復ディスクは、ハードディスク内にインストールされているWindowsと連動して機能しているからです。
そういう仕様なので、どうしようもありません。
自動実行させるためには、1対1で対応させるのが楽というのもあるでしょう。

通常は、システムが違えば使用できないのが当たり前です。
ユーザーは値段が高いことを嫌うので、Microsoftも無駄にコストがかかることを避けるのです。