どうしてもお使いの環境でDVD-Rに追記保存したいのであれば、
Windowsの機能によらず、サードパーティ製のライティングソフトを使ったほうがいいと思います。

そもそも論ですが、重要なデータの保存用ならマスター形式のほうがいいです。
ライブファイルシステム（パケットライト）だと、このような細かい不具合が起こりやすいので。
また、DVD-Rはそれほど信頼性の高いメディアではありません。
読めなくなったと店頭に持ち込まれることは多いです。

結局、重要なデータはミラーリングしたハードディスクに保存しておくのが一番なような気がします。
保存も楽ですし。
「RAID 1」に対応した外付けハードディスクケースを使うと手軽です。
光学メディアは、重要なデータの保存というより、配布に適しているものだと思います。