マウス操作は「MouseGestureL.ahk」に取得されてしまうので、
キーボード操作で「MouseGestureL.ahk」を一旦終了させます。
その後、設定ファイルを削除するなどして「MouseGestureL.ahk」の設定を初期化します。

キーボード操作で「MouseGestureL.ahk」を終了するには、

1. 「Ctrl」＋「Shift」＋「Esc」キーを押して「タスクマネージャー」を表示

2. 簡易表示の場合は、「Alt」＋「D」キーを押して「詳細」を表示

3. 「プロセス」タブでない場合は、「Ctrl」＋「Page Up」キーを押すなどして「プロセス」タブに移動

4. 「MouseGestureL.ahk」を選択してから「Alt」＋「E」キーを押して「プロセスの終了」

とします。
これが、最も汎用性の高い方法です。

あるいは、

1. 「Windows」＋「B」キーでタスクトレイにフォーカスを移動

2. 「MouseGestureL.ahk」のアイコンを選択

3. アプリケーションキーや「Shift」＋「F10」キーでメニューを開いて「終了」

としてもいいです。
こちらは、タスクトレイに表示されているアプリケーションでのみ有効。

設定の初期化は、「Config」フォルダごと削除してもいいと思います。