この機会に、以前から書きかけで放置していた記事を完成させました。
SMART情報と不良セクタ
本件でも参考になる内容だと思います。

論理障害にせよ物理障害にせよ、障害が発生した時点で、復元可能性は未知数です。
ファイルサイズが大きくなるほど、数多くのセクタ、クラスタに渡ってデータを保存することになるので、
ハードディスクに障害が発生した場合に完全な状態で復元するのは難しくなります。

本件は、

• MFTが上書きされているっぽい

• 障害が発生した原因がはっきりしない

• CHKDSKが走った形跡がある

という点で、程度は悪いです。
初回の返答で書いたように、嫌な予感しかしません。

今のWindowsによるフォーマットは、ほとんどがクイックフォーマットです。
私もトラブル対応のケースを除き、普段はクイックフォーマットしかしません。
面倒なので。

クイックフォーマットだろうと、フルスキャンのフォーマットだろうと、
障害が発生した場合の復旧可能性は変わりません。
事前に不良セクタを検出できるかもしれない、というだけです。
フロッピーディスクを見かけなくなったので、
かつてほどフルスキャンのフォーマットをする意味はないと思います。

ハードディスクの障害をUSB接続のみで判断するのは、方法としては間違っています。
というか、判断できません。
実際、USB→SATAに変更しただけで正常動作した外付けハードディスクを何台も見ています。
また、それだけでは復旧しなかったとしても、
SATA接続にすることで、ハードディスクに対してよりローレベルのアプローチをすることができます。

ソフトウェアは万能ではありません。
ソフトウェアは、それが動作するハードウェアが正常という前提があって、はじめて有効なものです。
もしブリッジチップに問題があったら、USB接続で何やったってダメですからね。

とはいえ、tygfshさんご本人がメーカー保証を優先するのであれば、分解する必要はありません。

やはり色々なリカバリーソフトのレビューなど見ても、写真画像やデータファイルなどの小型ファイルの復元例は多数見受けられますが、動画などの大型ファイルは失敗している例が多いようです。私もその一つかもしれませんが、私の場合、問題発生以降、ＨＤＤ本体への書き込みをほとんどしておらず、大部分は復元出来ず筈だし、復元ソフト的にも高確率で復元できると表示が出ているのに実際に復元が成功できないという不思議な現象です。復元させた動画を再生させようとしたら、コーデックが無いと出て、探しに行くと必要なコーデック情報が無いとなって打つ手なし。。理由が全く分かりません。
どこかの設定を変えたら全ての復元した動画が再生出来るとか？ちなみに同じパソコンから別のドライブの動画再生は問題なく出来ています。

そう言えばクイックフォーマットすると問題が起きた時に復元が難しくなると聞いた事はあります。このドライブはクイックフォーマットですので。。。

ＳＡＴＡ接続の件ですが、ＨＤＤの内容がテレビ録画とは言え３Ｔ一杯に入っておりますので辛いですけど、以上の状況からして、復元の期待がそれほど高く持てない上に、ご指摘のようにＨＤＤ本体に何らかの異常があるとすれば、保証の問題もありますので、なかなか分解する選択は採り難いです。まぁ、不幸中の幸いとしてはデータ内容が膨大だとは言え、テレビ録画程度というのもありますが。。。

繰り返すようですが、USB接続のハードディスクでは、USB-SATAブリッジの影響が排除できません。
たとえるなら、通訳を間に挟んで伝言ゲームやってるようなものです。
SATAとUSBでは根本的に違うので、それぞれにできること、できないことがあります。
不具合が起きた場合のトラブルシューティングとしては、SATAじゃないとできないことが多いのです。
ファイナルデータに関しても、USB接続のハードディスクのほうが時間がかかりますし、動作も不安定なはずです。
正常動作していればいいんですが、異常があるから使うソフトなので。

また、「CrystalDiskInfo」で確認できるのは、あくまでもSMART情報に関してです。
SMART値に異常がなければハードディスクは正常動作している、とは言えません。
ハードディスクのファームウェアから見て正常かどうか、というだけです。

何が言いたいかというと、フォーマットすれば問題なく使える、とは限らないということです。

P.S.
常時接続の外付けハードディスクなら、本来はUSBよりもeSATAのほうが適しているんですが、
USBが便利すぎて過剰に使われている気がするんですよね。
リムーバブルディスクとして使わないのなら、USBである必然性はないと思います。
USB接続にした結果、無駄に不安定になるだけというか。
まぁ、それでもUSB接続の外付けハードディスクが売れちゃうんですけど。

ＨＤＤは壊れてない様子なので、新年に向けて旧年の垢を落とす意味でも綺麗さっぱりフォーマットかけて
早く楽になりたい衝動にかられております。（笑）

個人的に、USB接続のハードディスクをあまり信用していません。
（ちょっと前のトピックでも同じようなこと書いた気が・・・）
このへんの問い合わせが多いので、ちょっと記事にまとめようかと思いますが、それは今後の私の宿題。

まず、不具合が起こってしまったからには、動作確認はSATA接続で行うべきだと考えます。
外付けハードディスクを分解して内蔵ハードディスクを取り出し、
マザーボードと直接SATAで接続します。
個人的には最も優先順位の高い、必須事項です。
メーカーの保証はなくなりますが。
以下、そのうえでの話です。

現状、ファイナルデータを使えば、ファイルを復元できる可能性は高いと思います。
ただし、完全に元の状態に復旧するのは困難かもしれません。

ファイルシステムが何なのか書かれていませんが、NTFSだと仮定します。
パーティションの構成がどうなっているのか、現物を見ていないので推測にすぎませんが、
おそらく、上書きされているのはパーティションテーブルではなく、MFTです。
逆に、パーティションテーブルのみの上書きであれば、復旧は容易です。

「Rebuild BS」は、意味がないと思います。
以前と違うとはいえ、ファイルやフォルダが閲覧できるのであれば、ファイルシステムは認識できているはずだからです。
「Rebuild BS」を実行したところで、同じインデックスであるMFTを見に行くだけだと思います。
とはいえ、「Write」とするまではデータの上書きはないので、
「Rebuild BS」後の「List」を見れば、ファイルがあるかどうかの確認はできます。

もし、「Rebuild BS」の隣に「Repair MFT」が項目としてあって、
選択後に「Fix MFT using MFT mirror ?」と表示されるなら（「Fix MFT mirror using MFT ?」ではない）、
実行してみるといいかもしれません。

安全策は、素直にファイナルデータです。
ハードディスクが健全な状態のようには思えないので。

ちなみに、「found.000」というフォルダは、ファイルシステムが破損してしまった場合に、
Windows側（というか「CHKDSK」）で自動的に作られるフォルダです。
つまり、ファイルシステムを見失ってるのではなく、ファイルシステムのインデックスが壊れている状態です。
ハードディスクに何らかのエラーがある可能性が高いと思います。