ただし、大体の内容はわかります。
チェックディスクに伴うリスクは、リンク先ページに書いてあるとおりで、
ファイルシステムを修復する過程で、ファイルのデータが失われることがあります。
ファイルシステムの修復は、ファイルシステムを元通りに戻すことではないからです。

なお、「スキャンディスク」は、「Windows 9x」系で使われていたファイルシステム修復ツールのことです。
「Windows 7」のファイルシステム修復ツールは、正確には「チェックディスク」（chkdsk）です。
大きな違いは、NTFSへの対応です。

RAID1が構成されているのが素晴らしいですね。
ディスク内のファイルが必要なのであれば、チェックディスクは実行してはいけません。
この場合、チェックディスクを実行する前のデータに対して、ファイル復元ソフトを実行すべきです。
その時点で上書きされていないデータに関しては、ファイルとして復元することができると思います。
現状ではアクセスできないファイルだったとしても、です。

環境
Windows7、RAID1

症状
一部のフォルダが読み取れないなどのディスクエラーがでたので対象ドライブのRAID1を解除しHDD単体でスキャンディスクを実行
RAID1を解除した時点では0バイトになっていませんでした。