全く同じOSのインストールディスクを使用して、上書きアップグレードは効果的でしょうか？
OSのシステムファイルを正常なファイルに上書きされるのであれば効果的かなと思うのですが・・・

その通りです！
ただし、XP以前であれば。

Vista以降になって、Windowsの修復インストール、つまり上書きインストールはできなくなりました。
Microsoftの中の人のブログにも書いてあります。

結局、クリーンインストールするか、「再インストール」するかです。
どっちにしろ、Windowsは初期状態に戻ります。
再インストールでは、Windows側でファイルを保存しておいてくれるという違いです。

おそらく、修復インストールは復旧手段としては中途半端だったため、
Microsoftが「修復インストール」→「再インストール」に変更したんだと思います。
個人的にも、修復インストールは選択肢として残しておいてほしかったんですけどね。

これは私の推測ですが、
ウイルスに感染したWindowsを修復インストールして「直らんのだけど！」みたいな問い合わせが、
Microsoftに多数あったんじゃないかと。
あと、IEのバージョンが一部だけ戻っておかしなことになったり。
で、ユーザーを混乱させるならやめちまえ、と。

万人を対象とする製品としての落とし所なんだろうと思います。

早速のコメント誠にありがとうございます。
chkdsk /bというコマンドがあるんですね。参考になります。

こちらに投稿させて頂いた後も引き続き調べてみたのですが、不具合の原因がOSのシステムファイルの欠損という仮定の元、全く同じOSのインストールディスクを使用して、上書きアップグレードは効果的でしょうか？
OSのシステムファイルを正常なファイルに上書きされるのであれば効果的かなと思うのですが・・・
重ね重ね質問を投げかけてしまい恐縮です。
これで効果なかったらリカバリしようと思います。

しいて挙げれば、「chkdsk /b」が適切ですが、
それを実行したからといってIEのエラーがなくなるわけではありません。
ハードディスクをほんのちょっと有効活用できるだけで。

結局、破損したシステムファイルを正常なものと置き換えなければならないので、
おっしゃる通りリカバリが一番。

あるいは、「sfc /scannow」の実行結果が保存されているログファイル（CBS.log）を参照し、
破損ファイルが特定できるのなら、「Windows PE」等を用いて実ファイルを個別に移植。
でも元のファイルがないとどうにもならないので、システムのイメージバックアップが必要だったり。
手間も相当かかります。

システムファイルの修復なら、「システム回復オプション」の「スタートアップ修復」である程度できますが、
文字通りスタートアップに必要なファイルの修復が主ですから、
IEの話となると関係ない気がします。

現実問題として、リカバリしかないかもしれません。
面白いこと言えなくて申し訳ない。

パソコンが使用中にフリーズを起こすので、クリスタルディスクインフォにて調べたところ、代替処理待ちのセクタがいくつかありました。
これはＨＤＤが原因かなと、新ＨＤＤにクローンコピーを行いました。スキップしたセクタが100以上ありました。
新ＨＤＤを装着して立ち上げたところ、フリーズも無く使えるようになりました。
しかしInternetexplorerを立ち上げると「動作を停止しました」のダイアログが出てくるようになりました。
スキップしたセクタがあることが一番の問題点ですが、どうにか修復できないものかと自分なりに色々調べて、コマンドプロンプトのsfc /scannowを打ち込んで検証したところ、案の定修復できなかったファイルがいくつかあります。という内容の結果表示が出ました。
chkdsk /ｆや/rなどをやった後に、改めてsfc /scannowを実施しましたが結果は同じでした。

リカバリしかないんかなと諦めてしまいそうですが、リカバリ以外の方法でこういう方法は試したのか等、何かあればコメント頂きたいです。
宜しくお願いいたします。