修復オプションを指定した「chkdsk」は、無害ではありません。
必ず、現在のファイルシステムの管理情報を上書きするからです。
不良セクタが存在しなくても、「chkdsk /f」でも、
今までアクセスできたファイルにアクセスできなくなる可能性はあります。

不良セクタの有無と、ファイルシステムの完全性は別の話です。
不良セクタがなくても、ファイルシステムに問題が発生することはあります。

異なるわけではありません。
ハードディスクのその仕組みも、常に狙ったとおりに機能するものではありません。
ハードディスクの信頼性は、そこまで高くないです。
大体、問題があるのはセクタではなく、ヘッドのほうなので。

たとえば、非常に状態の悪いハードディスクに対して「chkdsk」を実行すると、
ハードディスクの不良セクタを回避する仕組みがうまく機能せず、
しかし「chkdsk」は実行し続け、
ハードディスクのアクセスランプがついたままフリーズしたようになります。
強制終了するしかないのですが、当然ながら状況はさらに悪化します。

これは極端な例ですが、いずれにしても「chkdsk」による操作は元に戻せないので、
重要なデータがあるようなら、バックアップを最優先してください、ということです。
「chkdsk」を実行してどうにもならなくなったと持ってこられたパソコンは、
大概、もうどうにもなりません。

たとえば、当サイトで過去にあった問い合わせに、
「TestDisk」と「chkdsk」を併用して、しかも操作を間違えたという話がありましたが、
リカバリするしかなく、そうされたと記憶しています。

esk2さんはちょっと神経質に考えすぎかもしれませんが、心配される気持ちはよくわかります。
書かれた内容は、的を射ています。

「chkdsk」は、有用です。
当サイトの「chkdsk」解説ページも、当サイト立ち上げ初期（10年以上前）に書いたものを元に修正を繰り返したものなので、
今回の一連のご質問を受けて、改めて書き直そうと思います。

私がこの記事で言いたかったことは、

• 「chkdsk」による修復にはリスクがある

• 「chkdsk /r」はハードディスクに対する負荷が高い

• 「chkdsk /f」でことたりる場合がほとんど

というのが大部分です。
当時、「とりあえず「chkdsk /r」を実行しとけ」みたいな風潮があり、
「それはやめたほうがいい」というアンチテーゼのつもりでした。
お客さんのパソコンにいきなり「chkdsk /r」を実行して、
その後ハードディスクが読めなくなった現場を見ていますので。

「chkdsk」のリスクは、大きく2つに分けられます。

• ハードディスクの損傷が進む

• ファイルが消失することがある

つまり、物理的か論理的かの違いです。
前者はハードディスクの状態が末期的な場合で、イメージしやすいと思います。
多分、気になっているのは後者だと思いますが、
「chkdsk」で消失するファイルには、ある程度の傾向があります。

「chkdsk」も、積極的にデータを消すわけではありません。
できるだけ安全に動作しようとします。
「chkdsk」で修復を試みるということは、現状のファイルシステムに問題があるはずです。
この、ファイルシステムに問題が発生した、直前のファイル操作に関するファイルが影響を受ける可能性が極めて高いです。
従って、使う頻度が低いファイルは、壊れたり失われたりするリスクは低いです。

「chkdsk」によってファイルが削除されたとしても、ファイル復元ソフトを使ってファイルを復元すればよさそうですが、
ファイルが見つからなかったり、サイズが0バイトになっていて、データが失われていることがあります。
このため、ファイルを復元するならそっちが先で、「chkdsk」は後回しにすべきなのです。

それでも「chkdsk」が有用なのは、「chkdsk」で修復しなければ、ファイル操作ができないからです。
ファイルシステムに異常がある状態では、ファイルの保存、削除、編集ができないことがあります。
できるだけ現状を維持したまま、異常が発生したドライブを使い続けるためには、
「chkdsk」で修復するしかありません。

本当は、こういうのは百聞は一見にしかずで、私が何を書くよりも、
起動時に「chkdsk」が走って起動できないパソコンとか、
「chkdsk」を実行してファイルが消えた現場を目にするのが、一番わかりやすいんですけどね。

ソフトウェアは、データを失うことがないよう動作を試みますが、
ハードウェアは、いつどこでどのような不具合を起こすのか予測不能なので、
今ある状態でより良い選択をするしかありません。
本当に重要なデータが存在するなら、ミラーリングと定期バックアップを組み合わせるしかないと思います。
店のシステムがそうだったように。

私は極論、システムは動いてさえいればいいぐらいの気持ちで割り切っています。
たとえ欠損のないデータであったとしても、ソフトウェアにバグや欠陥はつきものなので。
世の中に完璧なものはありませんからね。

ruurooさん、いつも丁寧にお返事頂きありがとうございます。
実は当方、ソフト屋の端くれで、PC込みで納品することが多いのですが、PCやWindowsには疎いのです。
ユーザーさんの多くはもっと疎くて、「普通の使い方」をしてくれません。PCが起動中でもお構いなしに電源ケーブルを抜きます。

そんなわけで、ファイルが壊れ（正確にはファイルシステムのテーブルにはエントリーがあるのにデータ本体は完全に書き込まれてなかった状態、でしょうか。）ソフトがそのファイルを開きに行く時にソフトがエラーを吐く、という場面にたまに出くわすのです。
以前、そういう現場の対応に行って、データをバックアップしている最中に壊れたファイルが見つかり、その後、「chkdskは壊れたファイルを直してくれる神ツール」という誤解のもと、chkdsk /rを実行したことがあります。その時chkdskの結果に当該ファイル名とともに初めて、「不良クラスター」という表示を目にしたのを憶えています。

先のruuroさんの返信の内容を踏まえると、こういう風に問題箇所が特定できている場合は、chkdsk /f は確かに安心して使えそうです。

私はこのサイトに出会うまで、先輩に教えられたとおり、定期点検と称してバックアップも取らずにユーザーのPCに修復オプションつきの「チェックディスク」をかけ、不良セクターが見つかると即ハードディスクの交換を勧めていました。無知とは本当に恐ろしいものです。

今、勉強のためにハードディスクの仕組みに関するちゃんとしたソースを探しています。問題があった時の対処法とそれを裏付ける基礎知識が網羅されたようなものがあるといいのですが、洋書でもなかなか良いものが見つかりません。お勧めがあれば教えてください。あつかましくてすみません。