興味深いですね。
いや、当事者だったら嫌ですけど。
つまり、環境によって論理セクタサイズが違って認識されてしまうわけですね。

物理セクタサイズ4KiBのハードディスクが主流になった現在においても、
従来との互換性の関係から、論理セクタサイズは512Bであるのが普通です。
ところが、添付いただいたスクリーンショット2枚目にもあるように、
特定の環境で論理セクタサイズが1024Bと認識されてしまっています。
おそらく、USB外付けケースを使用した場合と推測します。

これは、Windowsのカーネルがハードディスクをどう認識するかという部分なので、
結論から言うと、どうしようもない気がします。
ハードディスクのファームウェア、USBブリッジ、マザーボード、そしてWindowsと、すべてが絡んでいて、
しかも、ユーザー側で設定できるものではないからです。
しいて言えば、ドライバ、ファームウェアのアップデートぐらい。

個人的に、Linuxディストリビューションならどう認識するかに興味はあります。
カーネルが変わるので、正常認識する可能性があるとは思っていますが、それでは根本的解決になりません。

フォーマットの前提が変わってしまうので、接続を変えるたびにファイルシステムを認識できなくなり、
それどころか先頭セクタの範囲も変わるので、ディスクの初期化から求められてしまうといったところでしょうか。
どちらにせよ、セクタサイズを1024Bと認識している環境での使用は避けたほうがいいと思います。
（＝スクリーンショットを撮った環境）
そっちがイレギュラーだからです。

回答になっていないかもしれませんが、私に言えるのはそれぐらいです。

うーん、うまく伝わってないような。
それとも私が誤解しているのか。

現物を見られないのが歯がゆいですが、以下私の考えを書きます。

同じ「sector mismatches」との表示があっても、それぞれの意味は違うはずです。
少なくとも、スクリーンショット2枚目で得られる情報からは、
セクタサイズ512Bでフォーマットされたディスクであることを示しています。
それが、OS側にセクタサイズ1024Bのディスクとして認識されてしまっているので、
正常に認識できないわけです。

この状態でディスクの初期化、フォーマットを行なうと、
セクタサイズ1024Bとしてファイルシステムが設定されます。
その状態のディスクを再び元の接続に戻すと、
またセクタサイズ512BとOSに認識され、一致しない、つまり「sector mismatches」とエラーが出ます。

ひとことで言うと、「sector mismatches」の内容が逆のはずです。

これはセクタにアクセスする以前の話、ハードディスクをOSがどう認識するかという問題なので、
ゼロフィルは意味がないです。
だから極端な話、同じWindowsでも違うパソコンに接続すると認識する可能性はあると思います。
もちろん、セクタサイズ512Bで。