長文を失礼します。

Testdisk上の処理によって発生した残留ファイルが再度実行したtestdiskの処理で削除されるかは、私自身浅学で、見識が無く不明ですが、ファイルシステム上の不具合であればチェックディスクで解消する場合もあります。

$Extend内のファイル削除を行うだけなら古いLinuxイメージで起動ディスクを作成し、該当ファイルを削除すれば良いかもしれません。
ただ、チェックディスクを行う場合も含めて、$Deleted内の物なので影響が出る可能性は低いと思いますが、変更を加える処置の為、
念のため、現状の起動可能な状態をバックアップのために、別デバイスへクローンを作成しておくと、復旧が必要になった際、重宝します。

また、現状のWindowsOSや環境を削除することに、環境上(使用環境、ソフトライセンス、セキュリティ上)問題が無いのであれば、Windowsのインストールメディアを作成し、クリーンインストール時に該当パーティションをクイックフォーマットしてから、WindowsOSのクリーンインストール(OSの初期化、工場出荷時ではない)を実施するのも一つの手です。

参考になるか不明ですが、もし、同じ状況になった際、私の場合は、以下を実行します。
1.デバイスのステータス確認後、物理クローンを作成(状況によっては複数台)する。(分解などによって保証が消える場合は、クローンソフトやLinuxからの起動でUSB上からディスククローンを行う)
2.ネットワーク切断した状態で作成したクローンにて起動、イベント上でエラー確認を行い、該当ファイルを、コマンド上とファイラーで確認、過去のLinuxイメージから作成した起動ディスクでファイラーかターミナル上で削除。
3.起動し、イベントビューアー上で各種イベントを確認、該当ポジションにファイルが再生成されていないか確認し、問題が無ければ再起動。
4.容量超過によりファイル破損の可能性があるため、念のためdism & sfcを実行の上、OSのアップデートか上書きインストール、問題が無ければ、オリジナル上で再度同じ手順を実施する。

上記手順が有効でない場合
5.Linuxでの削除できない、または、ファイルが再生成される場合は、動作しているプロセス、タスク、サービスがあるか確認し、該当するものがあれば対処。
6.いろいろやって解決しない場合は、データバックアップ、ソフトライセンスの移行準備を行いOSのクリーンインストール、若しくは500GBから1TBや2TBへクローンしたうえで、容量に余裕を持った状態を作り、上記の1-5を試しまくる。

更にダメな場合。
7.クイックフォーマット後のWindowsOSのクリーンインストールで、ファイルが消えても何かしらの不具合が起きる場合、該当デバイスを0フィルする。それでもダメな場合はストレージ交換をしてクリーンインストール。