不具合のあるハードディスクを接続したままWindowsを起動するのはおすすめしません。
Windowsの機能が自動実行されるので。

「起動画面で停止」の起動画面は、BIOSかWindowsのどちらでしょうか？
どちらにせよ、毎回CHKDSKが実行される、しかも時間がかかるというのは、
CHKDSKがファイルシステムを修復できていないと考えられます。
なぜ修復できないかを考えると、ハードディスクに正常な読み書きができていない可能性が高いんじゃないでしょうか。

とりあえず、そのハードディスクのSMART情報を確認したほうがいいと思います。
Windowsなら「CrystalDiskInfo」、Windows上での動作がままならないなら「HDAT2」でも確認できます。

大変有用な情報を掲示頂きありがとうございます。
ご意見を伺いたく、こちらに記入させて頂いております。

内蔵HDD（SATA3TB）のトラブルで困っております。
該当故障HDDをSATAで接続し、別HDDをからWindows7を起動
→起動画面で停止、該当故障HDDは回転/停止を繰り返す（高周波音は無し、振動で回転/停止を確認）
→1時間程度（？）放置すると、CHKDSKが自動実行
→CHKDSKは3/3まで終了
→コンピュータ（デバイス）の管理画面では「未割り当て」と表示
上記を2回繰り返しましたが、状態の変化は無しでした。

CHKDSKが実行されているので、モータの異常、物理異常では無いのではないかと勝手に予想しております。
TestDiskでスキャンしてみても良いのですが、Windowsの起動（その前のCHKDSKも含め）に時間がかかり、
気が滅入っています。
普及の見込みがあるのであれば、時間をかけてトライしてみようと思います。

ご意見をお聞かせ下さい

なお、パソコン工房の店舗で実施できるレベルのデータ復旧では成功しませんでした。
（センチュリーの「これDo台」などは実施して頂いたようです。
PCで認識するまでにCHKDSKを実行する必要があるので店舗では実施していないようです）

該当故障HDDSeagate ST3000DM001