あります。
不具合が顕在化するまでは問題が発覚しないだけで、一部のファイルが壊れていることはあります。
たとえば、普段使っていない機能に関するファイルが壊れていたとしても、その機能を使うまでは気がつかないでしょう。

特に不良セクタはその傾向が強く、お客さんが不具合に気づいてパソコンを持ってきた時には、
すでに状況がかなり悪化している場合が多いです。
これも、お客さんが必要なファイルにアクセスできなくなったり、Windowsのエラーが発生して操作できなくなったりするまでに、
データを読めないセクタが潜在的に増え続けてきた結果です。
実際に不具合が発生するまでは、ほとんどの人は不良セクタの存在に気がつかないと思います。

ありません。
結局、データに欠損がなくても、ソフトウェアにバグはつきものなので、
動いていればそれでいいと割り切る必要はあると思います。
完璧なものは世の中に存在しませんからね。

データが完全に一致することを求めるのであれば、ハッシュ値でチェックするほかないと思います。

Windowsのシステムファイルに関しては、「sfc /scannow」を実行すれば、
その時点のWindowsが判断する正しいシステムファイルに置き換えられるでしょう。

ただし、記憶装置に対するデータの入出力に異常がない前提です。
従って、SMART情報とchkdskに異常がなければ、ほとんどの場合は大丈夫だと思います。

例外は、ソフトウェアに起因する不具合です。
アップデータに問題があれば、データを正常に更新できたとしても、システムとして機能しなくなるかもしれません。
実際に、「Windows Update」後に問題が発生するケースもしばしばあると思います。
アプリケーションソフトウェアのバグで、保存したファイルが壊れてしまうこともあります。
また、不正なプログラムが実行されれば、何がどう書き換えられるかわかりません。

もっと言えば、不良セクタに関しても注意が必要で、
SMART等に現れるのは事後の情報なので、保存した時点ではデータの完全性は不明です。
シュレーディンガーの猫みたいな。
でもこれは重箱の隅をつつくような話なので、状態の悪いハードディスクでもない限り大丈夫ですけど。
ただ、可能性はゼロではないということです。

そもそも、何をもって完全なのかという話で。
メーカーが設定する完全なデータよりも、システムやアプリケーションを使えることのほうが重要な場合もあります。
多少システムの整合性に問題があったとしても。

神経質に突き詰めても、きりがありません。
世の中の物理現象も、完全に解明しているわけではありませんからね。
その上で作られている工業製品は、言わずもがなです。

添付いただいた画像のハードディスクのSMART情報をそのまま受け取るのは、やめたほうがいいと思います。
SMARTの数値から換算すると、代替処理済みのセクタが20GB以上もあり、しかもまだ4割以上も空きが残っているとか、
本当かよという内容になっています。

SMART情報がどのように扱われるかは、ハードディスクのファームウェア次第です。
当該ハードディスクの不良セクタに関する属性値は、
不良セクタの実際の数を表したものではないと考えたほうがよさそうです。

ファイルシステムに関しては、特に問題はないと思います。
これはたとえば、不良セクタが登録されているけど、実際には存在しない、
「chkdsk /b」が実行される前のドライブと似ています。
必要のない情報がファイルシステムに保存されているだけで、
それが害を及ぼすわけではありません。

ちょうど先の回答に関連しますが、
これはWindowsのファイルシステムに関するバグなんじゃないかと思います。
従って、アップデート後にはこのようなゴミデータが残されなくなり、
同様のログは出力されなくなったのではないかと。
あくまでも推測ですけどね。

そのハードディスクに関しては、実際に使っていて問題がなさそうなら、継続使用してもいいんじゃないでしょうか。
ただし、得られる情報は信用できないものが多く、大丈夫とも言い切れないので、
心配なら、本当に重要なデータだけ、外付けハードディスクに保存しておくとか。

ひとことで言うと、そこまでする必要はないと思います。
前にも書きましたが、きりがないからです。
手間がかかる割に、ほとんど効果はありません。
それらがすべて正常でも、壊れるときは壊れます。
それに、不良セクタは通常、自動的に処理されます。

どうもずっと、ケアルラさんは手段が目的になっているような気がします。
少なくとも、当サイトで書いているSMART情報を確認する目的は、
動作に異常があるハードディスクの原因を調べるためです。
現状パソコンを使えているのに、そこまで固執する必要はありません。

また、SMART情報に異常値があれば、そのハードディスクがダメなわけでもありません。
SMARTの各属性とその値は、規格で統一されているわけでもなく、
メーカーによって、ファームウェアによって扱いが異なるからです。
ただ、これを不良セクタの把握に使えることがある、という程度です。
もともとが、セルフモニタリングのための機能なので。

データの重要度が高いのであれば、バックアップとミラーリングを併用してください。