管理人様がおしゃっている通り、これだけだとよくわかりませんね。

exodus7020さんがおしゃった、win10が入っているHDDのスマート正常という言葉を鵜呑みにするのであれば、OS破損かと思われます。スタートアップ修復のやっている内容はほぼブラックボックスですが、何かしらの箇所の読み込みを再度したことで「復旧した」ということも考えられます。ただ、これはあくまでも復旧なので、再発する可能性は大いにございます。

まずは、再度HDD障害が発生しているか否かを確実に判断する必要があります。
１. クローンを取ったとのことなので、再度Crystaldiskinfoで正常かどうかを確認してください。クローン作製の際、HDDの全セクターを読むので、クローン後に再度チェックするとsmart注意の時もございます。

２. 心配なら、HDAT2やfromHDDtoSSDでドライブスキャンをかけてください。個人的にはクローン後なので、そこまでする必要はないと思います。

HDD障害がないと判断できた時点でOS修復に入ります。
OS破損の修復ですが、一般的な場合の流れだと、

1. コマンドプロンプト（管理者)でsfc/scannowを実行してください。

2. 修復できた、あるいはエラーがなければここで終えても構いません。念のため修復後でも2回はかけます。

3. エラーが修復できない場合は、コマンドプロンプト（管理者)でDISM.exe /Online /Cleanup-image /Restorehealthを実行してください。これを実行するには、ネットにつながっている必要があります。

4. それでもエラーが修復できそうにない場合は、コマンドプロンプト（管理者)でchkdsk c: /fを実行してみてください。

5. それでもエラー修復できそうにない場合は、OSの上書きインストールをします。実行方法はこちらのリンクを参照してください。https://freesoft.tvbok.com/win10/install/overwriting_install.html

これらのOS修復はあくまでも、検知できるエラーのみの対処しかできないため、ここまでして治っても、普通に使用することはできると思いますが、再発する可能性はあります。正直OS破損の場合、クリーンインストールをしない限り、完全に治す手段はありません。

また、ここまでの話はクローンがしっかりとれている前提の話となります。もし取れていない場合に、上記の内容を実行すると後戻りができません。

ちなみに、もしRAIDを組んでいるとなると色々話は変わってきます。HDD３枚使用しているそうですが、RAIDは組んでいないのでしょうか？