それライセンス的にどうなのよ、ってこともあるので、ここで大丈夫とは言えないです。
でも、言わんとすることはわかります。
ライセンスの話を置いておけば、その方法で原因を絞り込めると思います。
問題が発生するとすれば、個人的に一番不安なのはライセンス関係。

メーカー修理では、同型品と部品交換して動作確認することもありますね。
もちろん、部品にはハードディスクも含まれます。
私が修理サポートを本業にしてた頃（メーカーではなく、お店）は、
デスクトップパソコン、というかケースなしのむき出し状態で正常動作するものを用意して、
部品単位の動作確認をしてました。
それで大体わかりますし。

仕事上、不安定なハードディスクを正常動作するパソコンに接続するのが日常でした。
操作に対して応答しなくなることはしょっちゅうでしたが、
それが原因で動作確認用パソコンが物理的に壊れたことはありませんよ。
まぁ、いつ壊れてもいいようにはしてましたけど。
OSごとにイメージバックアップとってたり。

不特定多数のお客さん相手だと、ウイルス同梱で持ってこられることが多かったので、
そっちのほうが危険を感じてました。
別のお客さんのパソコンにウイルス移してお渡しとか、シャレにならないので。

ライセンスに関しては、できるできないというより、してはいけないのです。
法的な問題です。

OEM版Windowsは、当該Windowsのシリアル番号が書かれたシールの貼られたパソコンでしか使ってはいけません。
ノートパソコンだと、本体裏側、バッテリー取り外した裏とかに貼られてたりするやつです。
個別の本体に対して個別のWindowsライセンスが与えられているわけで、
同じWindowsのバージョンだから、別のノートパソコンと取り替えていいという話ではありません。
で、Microsoftはそれを技術的にできなくしているわけです。

Linuxにもライセンスはありますが、ユーザーが自由に使えるという点で、
Windowsのようなプロプライエタリソフトウェアとは大きく異なります。

ハードディスクにインストールしたLinuxディストリビューションから起動するのもひとつの手ですが、
そこで問題になるのは、WindowsとLinuxは根本的に違うOSだということ。
Windowsの動作確認はWindowsでしかできませんし、
Windowsの不具合はWindowsによってしか修正できない場合が多いです。
ハードディスクからLinuxが起動できたからといって、Windowsが正常起動できることの証明にはなりません。

とはいえ、Linuxは自由度が高くいろいろできるので、触ってみるのはいいことだと思います。
ちなみに、「Ultimate Boot CD」から起動できる「Parted Magic」もLinuxです。
診断は「Ultimate Boot CD」で大概できますよ。
Linuxベースの緊急用ライブCDだと、「Ubuntu Rescue Remix」とか。
でもこれは診断というより修復がメインで、しかもちょっとわかりにくいかもしれません。