長文を失礼いたします。
通りすがりの浅学な者です。
下記は、ideさんの質問に該当するか不明ですので、あくまでご参考までにとどめてください。

1.始めに、管理人の方が下記で仰る様に型番や現況に至るまでの具体的な詳細が不明です。
https://pctrouble.net/caution_bbs.html

型番や、Windowsのversionはともかくとして、何のフリーソフトか、インストールしたフリーウェアに起因する現象なのか切り分けが行えません。
原因が、PCのハードウェアの故障か、Windowsの不具合か、プロセスのリソース使用、書き換えられたレジストリを含む各種の値によるWindows、explorerの遅延、などです。

2.インストールしたフリーウェアが起因の場合、
マルウェアの中にはウィルス検知ソフトに引っかからない動作をするものもあります。

本体のソフトウェアをアンインストールしても、
書き換えられたレジストリや設定は戻さなかったり削除されないこともあり、
アンインストーラーに定義されていないソフトウェア残っている場合もあります。
ex. explorerやWindows標準のプログラムを利用(寄生)して標準とは異なる動作させたり、レジストリを変更されて、Windows標準プログラムから別のマクロやソフトウェアをアイドル時のみに動作させるものもあります。

3.現状の確認として
遅延原因が、Windows上であると仮定して、タスクマネージャなどが正常に実行できるのであれば、
タスクマネージャーやリソースモニターなどで、OSやプロセス、リソースに起因する遅延であるか、CPU、メモリ、ディスクの使用率、確認を行ってみるのはいかがでしょうか？
そちらが問題が無い場合、新規Windowsユーザーを作成し、そちらでサインインを行っても同じ状態になるか試してみるのも、確認の一助となるかと存じます。

タスクマネージャやリソースモニターでのプロセスや各リソースの確認監視はいかがでしょうか？

別アカウントのサインインによって、事象が起きない状態(正常作動？)したようで何よりです。
本当に正常動作しているようでしたら、ハードウェアそのものの故障は考えづらいと思います。

クリーンブートは大まかな切り分けにはなりますが、詳細な原因特定にはなりません。
また、現状でも投稿者の方の、なぜこの事象に至ったのかの「フリーソフトウェアの名称」や経緯の具体的な提示がないため、アドバイスにはなりません。
判断する情報が足りない状態であると自認して対応してください。

また、投稿者の方の事象に合致するかは不明ですが、手間のかかりますが、Windows上で動作していると思われるプログラムなどへの簡易的な確認方法を下記へ記載いたします。あくまで参考程度にどうぞ。
※あくまで簡易確認作業です。バックアップやクローン、リカバリ方法が確立しない状態で、実変更を伴う実行作業は、推奨しません。

0. 面倒な方法
事象が起きているWindowsのユーザーアカウントと、正常動作？していると思われるアカウントの比較を取ってください。
スクリーンショットやスクリーンキャプチャ、または、スマホなどで、写真や動画を取ると比較しやすいかもしれません。
あらかじめタスクマネージャなどを起動した状態で、遅延の発生中のタスクマネージャやリソースモニターの状況を確認して下さい。
そして、リソース消費をしているプロセスなどがあれば、その動作や遅延発生中のアカウントのみで実行されているされているか確認、記録してください。

また、それでも特定できない際は下記をご参照いただき、両アカウントで比較の記録を取りながらご確認頂ければと存じます。

1.確認方法
簡易的なものから記載していきます。

Windows標準のアンインストール画面、GeekUninstrallerなどでインストール日時でソートし、身に覚えのないソフトウェアがいるかを確認。
→インストール情報が不完全な場合は、日時ソートがされません。また、アンインストールを行ったとのことですが、
アンインストーラーが不完全だったり、意図的に、ソフトに関連したものや、同梱インストールしたもの、書き換えた設定やレジストリは削除、リカバリせずに残すものもあります。

1.0. スタートアップの確認
タスクマネージャの詳細、スタートアップのタブや、Win + R →「shell:startup」などでスタートアップのプログラムを確認。
出荷購入時のもの、自らがインストールしたものに関連しないものが無いかの確認。

1.1. タスクマネージャー、リソースモニターによるプロセスの確認
タスクマネージャの詳細表示、プロセスタブから、各リソース(cpu,memory,disk)ごとにソートをかけて、過剰にリソースを使っているプロセスが無いか確認してください。
※様々な異常動作を起こすプログラムがありますが、cpu, gpu, ネットワークリソース上で仮想通貨のマイニングを実行するスクリプトなどもあります。

1.2. タスクスケジューラ(taskschd.msc)の有効タスクの確認
タスクスケジューラ上で出荷状態での初期インストール、ご自身がインストールしたもの以外のタスクがあるかの確認。
→原因であると推測できるものあったとしても、削除は行わず、無効にし、再起動、またはログオフ→サインインなどで確認する。問題が無かったり誤った場合は、きちんと無効から有効に戻す。
→実行プログラムやスクリプトの情報が記載してあることがあり、そちらへの対処のためと、誤ったタスクを削除すると戻せなかったり、再度登録するのが手間なので。
→タスク スケジューラ ライブラリ内直下に登録されていることが多いが、ソフトメーカー名や、Microsoft内に配置されている場合もまれにある。

1.3. タスクマネージャ(taskmgr)、サービス(services.msc), msconfigなどでサービスの確認
メーカー製、自らがインストール、更新したソフトウェア以外のサービスが有効で実行されているか確認。
→アンインストールしようがサービスやタスクスケジューラにいると、復活したり自動更新や、再インストールされる恐れがある。

余談：ユーザープロファイルのレジストリの変更や、既存のWindowsプロセスを媒介、偽装したスクリプト実行の修正や特定は行えたとしても、修正作業には、クローンなどのバックアップからの復元できる環境が無いといじらない方がいいです。

稚拙な長文を失礼いたしました。以上です。