可能性としては、あります。

「NTLDR is missing」というのは、PBRによって表示されているので、
「Windows XP」以前に作成されたPBRがそのまま残っていると、「Windows 7」環境でも表示されることがあります。
たとえば、古いハードディスクをいろんな環境で使い回してると、ありえると思います。
DAIPAPAさんのように、ハードディスク移行ツールを使った場合も同様ですね。

気になるのは、なぜ「NTLDR is missing」が表示されてしまうのか、
そして、なぜキーを押したら問題なく起動するのか。
普通、「NTLDR is missing」が表示されてから再起動したところで、
また同じ起動プロセスをたどるので、再び「NTLDR is missing」が表示されて起動できないはずなんですが・・・

ただ、DAIPAPAさんの場合、度重なるパーティションの変更履歴が悪影響を及ぼしている可能性は高いと思います。
間違いなく言えるのは、現在起動に使っているパーティションのPBRが旧システム用のものだということ。
起動用に指定されているパーティションが間違っていないか、確認したほうがいいです。
パーティションの指定が正しいなら、PBRを現在のOS用のものに書き換えることで、問題が解消されるかもしれません。

ruuro様

お世話になります。
その後、一時メッセージが出なくなったのですが、windowsの更新プログラムがインストールされてからは、
再度NTLDRis missingのメッセージが出ます。

windows7機は新規の機種です。購入後、Cドライブの容量を増やす作業をしてから、ファイナル引越しで
旧vista機からリカバリしました。
その後、NTLDRis missingが出たため、引越し作業を元に戻し、windows7の再インストールをしてみたのですが、やはりメッセージが出ます。

起動用パーテーションの確認をしたいのですが、ご教示お願いいたします。

RUURO様

お世話になります。
その後、
”起動用に指定されているパーティションが間違っていないか、確認したほうがいいです。”
やってみました。正しいかわかりませんが、①コマンドプロンプトでselect volumeでVolume1をactiveに指定。
②bootrec/fixmbr bootrec/fixboot bootrec/rebuildbcdをそれぞれ実行。
③もういちど、bootsect/nt60 sys を実行
再起動してみましたが、やはりEPSONマークの後NTLDRis missingが出ました。
なかなか消えないです。
なにかよい方法があれば、ご教示下さい。