ブートセクタは、文字通り1つのセクタです。
セクタとは、補助記憶装置上の最小単位です。※基本的に、512バイト。

ブートセクタはファイルですらありません。
というか、ブートセクタはファイルを読み込むために必要な情報が収められている場所でもあるので、
ブートセクタを読み込まなければ、ファイルをファイルとして認識することができません

従って、ブートセクタに問題があると、その記憶装置の動作に致命的な支障をきたします
具体的に、どのブートセクタの何が問題なのかを理解するためには、
事前にブートセクタの役割をある程度知っておく必要があります。

ブートセクタは、大きくMBRとPBRの2種類に分けられます。
簡単にまとめます。

MBR マスターブートレコード
補助記憶装置の、最初のセクタ
各補助記憶装置ごとに1つある。
PBR パーティションブートレコード
パーティションの、最初のセクタ
各パーティションごとに1つある。

つまり、それぞれのハードディスクごとに、
1つのMBRと、パーティションの数だけのPBRがある
ということです。
※論理ドライブの場合は、拡張パーティションブートレコードとPBRが1セットになります。
GPTディスクにおいても、です。

さらにそれぞれのブートセクタの中を見てみると、
決められたプログラム部分と、サイズやフォーマット等の固有情報が収められた部分があります。
プログラム部分は、OSが同じであれば基本的に同じですが、
固有情報の部分は、それこそ使われ方の分だけ違う可能性があります。

以下、もうちょっと詳しく説明していきます。

ディスクごとのブートセクタ、MBR

パソコンがハードディスク等の補助記憶装置にアクセスすると、
まず補助記憶装置の先頭セクタを読み込みます。
この、最初に読み込まれる補助記憶装置の先頭セクタが、MBR(マスターブートレコード)です。
つまりMBRは、補助記憶装置につき1つだけ存在するブートセクタです。

MBRにはパーティションテーブルと呼ばれる領域があり、
補助記憶装置内のどこにどういった種類のパーティションがあるかという情報が収められています。
パーティションの場所を定めているMBR自体は、どのパーティションにも属していません。
ちなみに、パーティションが4つまでしか作成できない(論理ドライブ除く)という制限があるのは、
パーティションテーブルが、パーティション4つ分の情報を収めるだけの容量しかないからです。

パーティションテーブルで、これらパーティションのうち1つだけをアクティブに設定することができます
アクティブなパーティションがあると、
MBRを読み込んだ後に、アクティブパーティションの先頭セクタ(PBR)を読みにいきます。
つまり、アクティブパーティションというのは、いわゆるブートパーティション、起動ドライブのことです。

アクティブなパーティションがなければ、起動処理が行われることもありません。
アクティブパーティションがないということは、
その補助記憶装置が起動ディスクとして使われないことを意味します。

パーティションごとのブートセクタ、PBR

そして、パーティションの先頭セクタがPBR(パーティションブートレコード)です。
つまり、PBRはパーティションごとにパーティションの数だけ存在しています

PBRには、このパーティションがどういったファイルシステムでどのようにフォーマットされているかといった、
そのパーティションのファイルシステムに関する重要な情報が収められています。
逆に言えば、パーティションをフォーマットするというのは、PBRを作り直す作業でもあるのです。
PBRを正しく認識できないと、そのパーティション内のファイルに一切アクセスできなくなります。

さらに、アクティブパーティションのPBRは、起動に際して重要な役割を担っています。
アクティブパーティションのPBRが読み込まれると、
その内容に従ってパーティション内に保存されている「BOOTMGR」等のブートローダを読みにいきます。
このブートローダが、ハードディスク内で一番初めに読み込まれるファイルです。
そこから、Windows等のOSが起動していくことになります。

ブートセクタであるということ

ブートセクタは、まずマザーボードのBIOSによって読み込まれます。
BIOSによってブートセクタが見つけられない場合は、「Operating System not found」等表示されるだけで、
それより先に起動処理が進みません。

また前述のとおり、ブートセクタはファイルシステムを定義するものでもあるため、
起動パーティションに限らず、すべてのパーティションに必要です。

では、BIOSやOSは何をもってブートセクタかどうかを判断しているかというと、
ブートシグニチャの存在です。

ブートシグニチャとは、ブートセクタであることを示す署名のことです。
ブートセクタの末尾2バイトには16進数で「AA55」0xAA55という記述があり、これがブートシグニチャです。

PBR

セクタ内の実データとしては、最後の2バイトが「55 AA」で終わります。
ブートシグニチャがあればブートセクタ、なければブートセクタではないとみなされます。

ちなみに、ブートシグニチャが失われたブートセクタは、「TestDisk」を使って復旧できます。
もっとも、ブートシグニチャの有無については、異常があっても原因箇所に気づきにくいとは思いますが。

起動トラブルとブートセクタ

これまでに書いてきたとおり、ブートセクタはOSの起動に関して非常に重要な役割を担っています。
ハードディスク内において、

MBRアクティブパーティションのPBR → ブートローダ

と起動処理が進んでいく仕組みは、基礎的なものです。

ブートセクタに問題があると、OSを起動できないどころか、ファイルを読み込むまでにも至らず、
パソコンのシステムとしては、起動しようとしていないも同然です。

特に、ほとんどハードディスクが読み込まれることなく、真っ黒な画面で英字しか表示されない場合は、
起動できない原因がブートセクタにある可能性も否定できません。
日常的にブートセクタの働きを意識することはありませんし、その必要もないと思いますが、
万が一パソコンが起動しなくなった場合は、ブートセクタにも注意を払う必要があるはずです。