外付けハードディスクにもいろんな種類がありますが、
圧倒的に普及しているのは、USB接続のハードディスクだと思います。

USB接続の外付けハードディスクは、内蔵ハードディスクに比べて部品点数が多く、
部品点数が多い分だけ、故障率は高いです。
信頼性でも速度面でも、外付けハードディスクは内蔵ハードディスクに劣ります。

それでも普及しているのは、使いやすいから、という一点に尽きます。
USBは何でもできる分だけ、ユーザーにとっては便利でも、コンピュータにとっては複雑なんです。
障害が発生した場合には、そのことがネックになります。
どこが壊れているのか、わかりにくいのです。

外付けハードディスクと内蔵ハードディスクの違い

以下、最も普及しているであろう、USB接続の外付けハードディスクを前提に話を進めます。
USB接続のハードディスクといっても、必ずしもUSBネイティブのハードディスクが入っているわけではありません。
ほとんどの場合でSATA、古いものではIDE接続のハードディスクが使われています。
※以降、IDE接続の場合は、「SATA」→「IDE」に置き換えて読んでください。

それは、パソコンの内蔵ハードディスクとまったく同じものです。
外部電源を必要とする弁当箱サイズの外付けハードディスクは、デスクトップ用の3.5インチHDD。
コンセントが必要ない(バスパワーで動く)、USBメモリと同じ使い方ができるものは、
サイズが小さくて低消費電力の、ノート用2.5インチHDD。

でも、これら内蔵ハードディスクのネイティブな接続規格はSATAです。
SATAとUSBではプロトコルが違うので、そのままでは通信できません。
当たり前ですけど。

そこで、プロトコルを変換するための基板が必要になります。
実際に外付けハードディスクを分解すると、内蔵ハードディスクに接続された基板が確認できます。
これがUSB-SATAブリッジで、
ハードディスクの接続規格であるSATAと、汎用接続規格であるUSBの橋渡しをしています。

すなわち、外付けハードディスクと内蔵ハードディスクの最も大きな違いは、
USB-SATAブリッジの有無です。

外付けハードディスクとデータのやりとりをしている間、USB-SATAブリッジは、ひたすら同時通訳をしています。
外付けハードディスクの性能は、USB-SATAブリッジによるところが大きいです。
ハードディスク自体の読み書き速度は、それに比べてずっと速いですから。
つまり、USB-SATAブリッジはボトルネックであり、
外付けハードディスクが動作不安定になる原因にもなりやすい
のです。
SATA接続では必要のない、余計な仕事が多いというか。

USB-SATAブリッジを疑う

障害が発生したハードディスクは、極力USB接続で使わないほうがいいです。
USB接続のままハードディスクの障害を判断するのは、方法としては間違っています
というか、判断できません。
論理障害か物理障害かの判断すらできません。
実際、USB→SATAに変更しただけで正常動作したハードディスクを何台も見ています。

USB-SATAブリッジ自体が故障してしまうのは、決してまれなことではありません。
でも、ハードディスクが単体として動作しているのなら、
USB-SATAブリッジをバイパスすれば、ハードディスクにアクセスできる可能性は高いです。

これには、外付けハードディスクを分解して、内蔵されているハードディスクを取り出す必要があります。
メーカーの保証はなくなりますし、完全に自己責任の作業です。
でも、個人的には最も優先順位の高い、必須事項です。

問題が発生した時の基本的考え方として、できる限り問題点を単純に分割してテストすべきです。
「シンプル・イズ・ベスト」というのはまさにその通りで、
トラブルが発生した時には、極力単純な構成にして、原因の特定と復旧可能性を探ります。
複雑な構成のままでは、原因を絞ることすらできませんので。

SATA接続で確認する

外付けハードディスクであれば、分解して内蔵ハードディスクを取り出し、
マザーボードと直接SATAで接続して動作確認
します。
手近にデスクトップパソコンがないと、接続しようにもできないかもしれませんが、これがベストです。
外付けハードディスクとして用いられているUSB-SATAブリッジの影響の排除、
また、SATAという外部記憶装置本来の接続規格でマザーボードと直結することで、
パソコンにとってシンプルな動作をさせます。

SATAとUSBでは根本的に違うので、それぞれにできること、できないことがあります。
不具合が起きた場合のトラブルシューティングとしては、SATAじゃないとできないことが多いのです。
復旧用のソフトウェアなんか特にそうで、
SATA接続にすることで、ハードディスクに対してよりローレベルのアプローチをすることができます。
SATA接続じゃないと機能しないツールもあります。

ソフトウェアによる操作は、ハードウェアが正常動作しているという前提があって、はじめて有効なものです。
不安定なベースの上では、操作に対する結果が信用できません。
だからこそ、シンプルなSATA接続を最優先すべきです。

別のUSB接続で確認する

とはいえ、そういうことができる環境にある人は少数だと思いますので、
USB-SATAブリッジを交換して動作確認するだけでも意味があります。

UD-500SA

これは私も持っているのですが、SATA/IDE-USB変換アダプタケーブルというものがあり、
SATAやIDE接続のハードディスクを、USBでパソコンと簡単に接続することができます。
実際、これを使ってハードディスクを認識できるようになったこともあります。
というか、本業でやってた頃は必需品でした。
つまり、変換アダプタケーブルに内蔵されているブリッジチップを使ってUSB接続するわけです。

でもやはり、原則的にはSATAで接続して動作確認すべきです。

以上のように内蔵ハードディスクを別経路で接続して動作確認しても症状が同じだった場合、
少なくともハードディスク本体側に問題があると判断できます。

ただし、物理障害は論理障害を誘発していることが多いです。
接続方法を変えたら万事OKというわけではありませんので、ご注意ください。