「ディスクの初期化」は、フォーマットとは違います。
Windowsの機能で、主にMBRに関するものです。

表示上はMBRとGPTの二択なので勘違いされやすいですが、これらは相対するものではありません。
GPTを選択しても、MBRは作成されます

GUIDパーティションテーブルは、MBRのパーティションテーブルでは実現できない機能をもたらしますが、
あくまでも従来の仕組みの上で成り立っています。
GPTディスクのパーティション管理はGPTによって行われますが、MBRが不要なわけではありません
事実、GPTディスクでもMBRが確認できないとWindowsからはアクセスできず、
「ディスクの管理」では「初期化されていません」と表示されます。
互換性を保つためにもMBRは必要ですし、「ディスクの初期化」によってMBRは作成されます。

「ディスクの初期化」が必要になるのは、たとえば、

  • データが一切書き込まれていない新規ハードディスクの増設時
  • ディスクのMBRが認識できない場合

などです。
ただし、ここでいう新規ハードディスクとは、市販の外付けハードディスクのことではありません。
外付けハードディスクは通常、使用するためのデータが書き込まれた状態で出荷されています。
つまり、MBRが書き込まれており、フォーマットされています。
このため、購入してから接続するだけでそのまま使用できるのです。

「ディスクの初期化」の目的

MBRが作成されていないハードディスクは、接続しただけではエクスプローラ上に表示されません
パーティションが存在せず、ドライブレターを割り当てられないからです。

つまり、「ディスクの初期化」の目的は、MBRを作成することにあります。
MBRが存在しないハードディスクは、Windowsによって「ディスクの初期化」が要求されることになります。

従って、「ディスクの初期化」は、MBRが存在しないハードディスクでしか実行できません
MBRが存在しないというのは、ハードディスクの先頭セクタにブートシグニチャが存在しないということです。
パーティションテーブルが正しくても、ブートシグニチャが存在しなければ、
Windowsは「ディスクの初期化」を実行しようとします。
逆に、ブートシグニチャさえあれば、Windowsは「ディスクの初期化」の必要がないと判断します。

トラブルによって「初期化されていません」との表示になった場合も同様で、
何らかの問題で、MBRのブートシグニチャが確認できないことを意味します。
これは言い換えると、先頭セクタの終端位置に異常があるということです。
たとえば、論理セクタサイズがWindowsによって誤認識されると、
必然的に先頭セクタの終端位置が変わることになり、ブートシグニチャを確認できなくなります。

このように、必ずしも「ディスクの初期化」が必要なわけではなくても、
表示内容から現状が知れることは多いです。

「ディスクの初期化」の操作

「ディスクの初期化」は、ディスクの管理」から行います
というか、MBRが存在しないハードディスクが接続された状態で「ディスクの管理」を起動した瞬間に、
「ディスクの初期化」ウィンドウが現れます。

もしくは、「初期化されていません」と表示されているディスクの右クリックメニューから選択することもできます。

初期化対象のディスクがチェックされていることを確認します。
MBR/GPTについては、2TB以下のハードディスクではMBR、
2TBを超えるハードディスクについてはGPTが一般的です。
※MBRのLBAでは、セクタサイズ512Bで2TiBまでの領域しか扱えないため。

「OK」を選択すると、「ディスクの初期化」が実行されます。
作業は一瞬で終わります。

「ディスクの初期化」の作業内容

「ディスクの初期化」は、MBRを作成します
Windowsを起動するためのブートストラップローダを書き込みます。
そして、パーティションテーブルを「0」で埋めます。

新規にハードディスクを追加する場合はまったく問題ありませんが、
復旧を考えている場合は、パーティションテーブルが「0」で埋められる点には注意が必要です。

ただ、「ディスクの初期化」を行った時点ではPBRに変更がありません。
「初期化」という名前が付いていますが、
フォーマットしていない限りは、パーティションの復旧可能性があります。